Margalit Cohen-Emerique a commencé sa carrière comme psychologue clinicienne au ministère de la santé à Jérusalem.
Mue par le désir de mieux comprendre sa propre trajectoire migratoire dans deux pays successifs, elle s'est ensuite orientée vers l'étude des relations interculturelles. Margalit Cohen-Emerique a enseigné notamment à l'université de Montréal, à l'université catholique de Milan et à l'École supérieure de travail social (ETSUP) de Paris. Elle a participé récemment en tant qu'expert à une commission du Conseil de l'Europe sur le thème " Interagir dans la diversité pour la cohésion sociale "